La bandera está compuesta por 3 colores: Azul, blanco y rojo.
Azul: Simboliza la inmensidad, grandeza. Lo cual significa que se espera que la institución forme estudiantes constantes; tendientes a la investigación, laboriosos hasta lograr el éxito.
Blanco: Significa la pureza, educar en valores éticos, morales y religiosos. La arcilla virgen que moldeará el docente, en función de la sociedad de la cual hace parte.
Rojo: Es el amor que se profesa en el quehacer pedagógico día a día, en pro de lograr la paz y armonía con que soñamos los colombianos.
Las cinco estrellas simbolizan las cinco Sedes que conforman la Institución Educativa Santos Apóstoles:
Sede principal, Sede Kennedy, Sede el Rosal, Sede Chapinero 19 y Sede José Celestino Mutis 31
